当社の前身である農林中央金庫調査部は1950年に設置されました。調査部設置の目的は「一般金融経済及び農林漁業の産業事情などの調査を専管する調査部を新設し、常時豊富適確な資料を基本として金庫運営上遺憾なきを期することとともに、組合金融中枢機関として常時所属団体方面に新鮮にして豊富な資料を提供しうる体制を整える･･･」というものでした。

その後、（株）農林中金研究センターの設立(1986年3月)などを経て、調査研究部門の完全子会社化により1990年に（株）農林中金総合研究所が誕生し今日に至りますが、その基本使命は調査部設置以来60年余変わることなく受け継がれ、さらに時代の要請に応える形で調査研究の裾野が拡がりました。研究対象の拡がりと深化は、大学等関係機関や海外研究機関との連携に発展し、近時においては早稲田大学、一橋大学、東京農業大学への講師派遣や中国農業大学との共同研究・相互交流につながっています。